Su curso Surge de la confluencia de las regatas Iztauz e Izpegui en el municipio de Baztan, donde hunde su cauce y se encaja entre los materiales triásicos de las estribaciones pirenaicas. En su cabecera adopta una dirección E.-SO., que rápidamente cambia por un rumbo E.-O., y atraviesa el valle de Baztan, donde recibe el nombre homónimo por el cual es conocido hasta su entrada en el municipio de Bertizarana tras haber recorrido 25 km. En este primer tramo colecta por la izquierda al río Iñarbestu y a los arroyos Ibar, Zeberi y Ezpehura.