Vida Fue el tercer y último hijo del matrimonio formado por Catalina Álvarez, de origen campesino, y Gonzalo de Yepes, hidalgo empobrecido dedicado al comercio. La temprana muerte del cabeza de familia, cuando Juan sólo tenía cinco años, y la negativa de sus parientes más cercanos a concederles amparo, impulsó a su madre a abandonar Fontiveros. Tras una breve estancia en Torrijos (provincia de Toledo) y Arévalo (provincia de Ávila, 1548-1551), donde se casó Francisco, el primogénito, y falleció Luis, el segundo hijo, la familia se trasladó a Medina del Campo (provincia de Valladolid) para encontrar la forma de conseguir sustento.