Vida Educado en Lisboa, donde trabajó siendo joven como sobrecargo de naves mercantes y escribano, contrajo matrimonio con Ana Chacón de Miranda, de origen madrileño. A finales del s. XVI, posiblemente en 1594, se trasladó a Perú y, desde allí, se embarcó al año siguiente como piloto mayor en la flota del adelantado Álvaro Mendaña de Neira, que emprendía su segundo viaje hacia las islas Marquesas y Santa Cruz descubiertas por el adelantado. Fallecido Mendaña en la isla de Nendo, Fernández de Quirós dirigió la expedición (la nao San Jerónimo) hacia Filipinas y posteriormente a Acapulco (Nueva España).